祝桥镇现辖20个行政村、12个居委会、1个区级工业区:第一、第二、东港花苑、千汇一村、二村、三村、四村、祝和苑、祝安苑、朝阳、东海、盐仓12个居委;机场、亭中、三八、金星、祝东、卫民、星光、明星、祝西、红三、新东、新如、薛洪、义泓、先进、星火、红星、高永、果园、立新20个村(04年以前另瞎有永乐村、陆楼村)。
2003年,撤销祝桥镇、东海镇、盐仓镇建制,设立新的祝桥镇。
2004年5月,陆楼、永乐两村整建制划归惠南镇管辖。
2009年8月,随着南汇浦东两区合并,祝桥归浦东新区管辖。
2012年,浦东新区对原川沙新镇、祝桥镇、六灶镇行政区域进行调整,实行撤三建二,原川沙新镇的江镇社区和施湾社区划入祝桥行政区域,原六灶镇整体划入川沙新镇,撤销六灶镇建制,成立新的川沙新镇和祝桥镇。成为全国独有的两个副局级乡镇。
祝桥外来人口众多,男女比例比较稳定。镇域人口12万,其中常住人口7.5万,来沪人员4.5万。常住人口中,农业人口26676人,居民48735人,农居民比例接近1:2。
2000年3月,上海祝桥空港工业区经原南汇县人民政府批准成立;2006年8月,经国家发改委批准,上海祝桥空港工业区与周边三个产业区合并为上海浦东空港工业园区,成为上海市级工业区。2007年7月,原南汇区委批准设立临空经济功能区管理委员会,负责统筹协调临空地区的开发建设工作。目前,祝桥全镇产业规划面积10平方公里,分为祝桥空港工业区、国家级空港综合保税区、祝桥空港仓储物流园区等三个板块,其中祝桥空港工业区规划面积为5.1平方公里,空港综合保税区为0.54平方公里,祝桥空港仓储物流园区为4.31平方公里。目前,镇内共有内外资企业1950余家。其中,DHL、UPS、飞利浦、汉高、日本森松、日本欧利生、新加坡赫比、重矿连铸、市一电机等多个国家和地区的著名企业,相继在祝桥投资落户。
祝桥高级中学、祝桥中心小学、上海实验学校附属光明学校等教育机构。